功德與願力巍峨的東方大佛─藥師如來，具有非常殊勝的除疾加持力，這與其成佛前所發的十二大願有很大的關聯，究竟這十二大願裡蘊涵了多少對眾生的慈悲與關愛？現在就讓我們帶您一窺藥師佛的無上願行。
第一大願 願眾生都同我一樣光明、美好
第一，自他身光明熾盛之願
藥師佛為眾生所發的第一大願，實乃精髓，藥師佛希望自己成佛後，不但自身修出熾盛如火焰般的光明，也要以這些光明去照耀無量無邊的世界，讓所有的眾生都擁有光明，且相貌如同祂一般的圓滿、美好。這是自立再立人的慈悲觀。而藥師佛的宗旨，在於醫治百病，行者必須先修出自己無病痛，再推及醫治他人的病痛，因此第一願乃修持「藥師如來本尊」的重要口訣。
第二大願 願發心度生 滿眾生一切所求
第二，威德巍巍開曉眾生之願
藥師佛的第二大願，就是希望自身成佛後，進一步來度生。以光明及威德兼備、最為莊嚴的姿態，為眾生施予最尊貴的佛法，踏踏實實的拉眾生一把，賜予開啟智慧的鑰匙，讓眾生得到證悟，隨順圓滿其所求。
第三大願 願助眾生衣食無缺 資糧具足
第三，使眾生飽滿所欲而無乏少之願
藥師佛的第三大願，可謂顧及到民生問題了。生存總要滿足不少需求，即便是修行人，顧佛祖之際也要顧到肚子。所以慈悲的藥師佛發下願力，希望自己成佛後，以無量的智慧，起無量的方便，讓眾生得以資糧具足，生活豐裕沒有缺乏。
第四大願 願助眾生轉而修持大乘佛法
第四，使一切眾生安立大乘之願
前面第二大願提到，藥師佛是希望度脫所有眾生成佛的，所以當祂眼看奉行邪門外道的眾生，或只專注修行自己的小乘行者時，發下了第四大願，希望自己成佛後，要讓他們轉而修持大乘佛法。因為發心廣度群生，才是成為菩薩的慈悲大願，才能證悟成佛。
第五大願 願助眾生守戒清淨 好好修行
第三，使一切眾生行梵行具三聚戒之願
第五大願，藥師佛希望自己成佛後，能幫助欲修行的眾生，將戒守好，行清淨的行為。清淨的行為就是「梵行」，即「四無量心」的慈、悲、喜、捨。「守戒」可說是學佛修行的標準備配，所以藥師佛願助眾生一臂之力，讓行者都具有大乘菩薩所必須的「三聚戒」，甚至願意讓一時迷惘而毀戒之人，能夠在聽聞其佛名後，得以還淨，不墮惡道中。
第六大願 願讓有缺陷的眾生 一切完好
第六，使一切不具諸根完具之願
第六大願，藥師佛可就照顧到眾生的形貌了。眾生若因為五官或身體上有任何殘疾，甚至醜陃、愚笨，乃至精神失常等身心缺陷，苦不堪言，藥師佛發心，願自身成佛後，但凡這類的眾生，只要一聽到其佛號，皆能得到救治，變得端正聰明，五官完整，沒有任何疾病痛苦。
第七大願 願治癒所有眾生的病
第七，除一切眾生重病，令身心安樂，證得無上菩提之願
世人都明白有病最苦，而貧病交迫，最是可憐，所以藥師佛發下了這著名的第七大願，希望在自己成佛後，凡是孤苦無依，受貧病折磨的眾生，只要一聽其佛號，將百病去除，而且能身心安樂，所需物資，乃至照護的親眷也將一應具全，甚至能因此成佛作祖。
第八大願 願圓滿眾生轉女成男的想望
第八，轉女成男之願
女兒身其實有諸多的不便與苦惱，連同在氣、脈、明點的修持上，都有無法避免的限制。所以藥師佛發下了願力，希望自身成佛後，若有女性厭離女身，想轉為男身，只要聽見其佛號，就能夠（來世）轉女為男，甚至因此證得菩提。而師尊也提及，台灣有弟子求了藥師佛後，原本腹中的女胎出生後全部轉為男胎，奇哉！妙哉！
第九大願 願解除天魔外道對眾生的糾纏
第九，使諸有情解脫天摩外道纏縛
邪思惡見稠林，引攝正見之願
藥師佛為免在五濁惡世中的眾生成為魔的點心，發下了第九大願，希望自己成佛後，要讓一切有情眾生都能夠擺脫天魔及外道邪說的糾纏干擾。若有任何人曾墮入邪見之中，藥師佛會挺身引導護衛，讓他們獲得正知正見，最後修持菩薩道，走向成佛之途。
第十大願 願化解眾生所遭遇的人禍天災等橫難
第十，使眾生解脫惡王劫賊等橫難之願
人生無常，但凡官司訴訟、政治迫害、搶劫偷盜，各種天災人禍的橫難，任誰遇到其中一種都可能讓生命走味，痛不欲生。為此藥師佛發下第十大願，希望成佛後，凡面臨這些苦難煎熬的眾生，只要一聽聞其佛號，即得解脫
第十一大願 願飢渴的眾生得到最美味的飲食
第十一，使飢渴眾生得上食之願
不少人生活困頓，受飢渴所逼惱，甚至為了求一餐溫飽而造下惡業。這些悲苦的眾生，藥師佛見之不忍，所以發下第十一大願，希望自己成佛之後，但凡這類的眾生，只要聽聞其佛號，並專心憶念，進而奉行藥師法門，將能獲得最美味的食物，及殊勝的佛法，住於安樂之中。
第十二大願 願貧乏無衣可穿的眾生得到上好的衣物
第十二，使貧乏無衣服者得妙衣之願
生活困苦的眾生，除了吃不飽當然也穿不暖，甚至衣不蔽體。於是藥師佛發下了第十二大願，希望自己成佛後，這類的眾生只要聽聞其佛號並專心憶念，進而奉行藥師法門，除了能夠得到上好的衣物外，還能享受各種美妙的用品、音樂和歌舞等，一切玩樂，隨心所欲，都得實現。
